通常情况下颜色鲜艳的是公飞凤鱼，颜色暗淡的是母飞凤鱼，并且公飞凤鱼的体型比较小。其次，母飞凤鱼的鱼鳍小且圆滑，肚子在繁殖期间会变高，而公飞凤鱼的鱼鳍是尖的，肚子没变化。在繁殖期间，发生追尾的一般是公飞凤鱼。

飞凤鱼分辨公母可以注重观察颜色，颜色较为鲜艳的飞凤鱼一般就是公飞凤鱼，母飞凤鱼的颜色一般比较暗淡。另外，通常母飞凤鱼的体型要大于公飞凤鱼的体型，并且头尾也比较短。

母飞凤鱼的鱼鳍比较小，并且鱼鳍时比较圆滑的，而公飞凤鱼的鱼鳍是尖的。其次，在繁殖期间，母飞凤鱼的肚子会比较高，而公飞凤鱼肚子没变化。

此外，在繁殖期间，一般会出现飞凤鱼之间追尾的现象，若是发现了追尾现象，则追尾的飞凤鱼就是公的，而被追尾的亩飞凤就是母飞凤鱼。